Основана е през 1859 г. от граф Валенщайн-Вартенберг като леярна машиностроителна фабрика в град Пилзен. През 1869 г. собственик на предприятието става инженерът и предприемач Емил Шкода, като неговата фамилия става по-късно търговска марка. Фабриката е произвеждала метални изделия за промишлеността: детайли за мелници, железопътния транспорт, електростанции, елементи за шлюзове (напр. за Суецкия канал), артилерия и друго военно снаряжение за армиите и флота на Австро-Унгария и за износ.
По време на Втората световна война, когато Чехия е окупирана от Нацистка Германия, заводите Шкода произвеждат танкове за немската армия. През 1945 г. предприятията Шкода са национализирани, а предприятията, започващи производство на автомобили в Млада Болеслав, авиозавода в Москва и някои предприятия в Словакия са отделени от фирмата. От 1951 до 1953 г. предприятията Škoda се наричат Závody Vladimíra Iljiča Lenina (Заводи Владимир Илич Ленин). Основните предприятия на холдинга са базирани в град Пилзен.
